La diferenciación entre el síndrome de intestino irritable (SII) y la enfermedad inflamatoria intestinal (EII) es compleja teniendo en cuenta que ambas enfermedades presentan síntomas similares, como la diarrea y el dolor abdominal principalmente. Pese a estas similitudes, ambas enfermedades presentan complicaciones, comorbilidades, pronósticos, tratamientos, que difieren considerablemente y por este motivo es fundamental su correcto diagnóstico.
Muchas veces resulta difícil la diferenciación entre ambas enfermedades por lo que se recurre a la colonoscopía para la visualización directa de la mucosa y toma de biopsias ya que constituye un examen complementario fundamental para el diagnóstico de la EII. Pero es un método invasivo que resulta molesto, que no está libre de complicaciones, requiere preparación colónica, anestesia y tiene un costo relativamente alto. Algunos centros reportan hasta más de un 60% de colonoscopías normales que retrospectivamente podrían haberse evitado.
La calprotectina es una proteína que constituye aproximadamente el 60% de las proteínas solubles citoplasmáticas de los neutrófilos. Se encuentra elevada en la materia fecal reflejando la afluencia de granulocitos en la mucosa intestinal en situaciones en donde existe inflamación intestinal.  Ha sido estudiada ampliamente para correlacionar la actividad inflamatoria de la EII en relación con la actividad inflamatoria endoscópica e histológica e incluso puede predecir una recaída de la enfermedad.
Varios estudios han valorado la utilidad de la calprotectina fecal para discriminar la EII y el SII siendo el valor de corte más frecuentemente utilizado de 50 µg/g. Sin embargo los estudios muestran diferentes puntos de corte en pacientes con SII.  Este punto es de fundamental importancia en la práctica clínica en paciente que no presentan sangrado como manifestación clínica, ya que un valor por encima del valor de corte indicaría la necesidad de realizar una colonoscopia para confirmar el diagnostico de EII. 